Firefoxで「ファイル毎に保存先を指定するを指定」しても、リンクをクリツクしたとき、保存先を選択できるダイアログボックスは開かず、「次のフォルダに保存する」で指定されたフォルダに保存された後に、自動的にブラウザ上に表示されるようになった。

この問題はpdfの場合の時に発生します。
上記設定だけどだ、保存するフォルダが変更されるだけで、pdfは上記のダウンロードフォルダに保存された後にファイルが開くようになります。

以下の設定がpdfをacrobatで開くに指定しているとだめなようです。
以下のように、「毎回確認する」を指定すると、保存先フォルダを聞いてくるようになりました。

まあ、この辺りは好みなんだろうけど、自動的に開くが良いのか、保存するのが良いのか、ちょっと設定がめんどくさいので、注意が必要です。